第十二集
雷雨行动无疑触动了许多人，何大来连夜打来电话斥责林荫，要他马上放了陶素素和郑华军。林荫正在对付何大来，洪市长、陈副市长、和于海荣也找上门来。他们是来转达万书记的指示，说公安局的行动，吓跑了外商损害了经济建设。对皇朝大酒楼的违法行为，罚款就行，人必须放了。林荫不服，争辩，不同意放人。这时谷局长来了电话，也让林荫放人，林荫不相信。谷局长告诉林荫，他不希望林荫是个短命局长。林荫把郑华军的罪行说了，谷局长同意郑华军可以先不放，但陶素素要放。林荫心中一片茫然。
秀云也劝他快放人，别把领导得罪了。林荫冲她发起火，秀云深感委屈……
黄建强、秦志剑等人来汇报处理情况，同时安慰林荫，说雷雨行动能进行到这一步，已经很不错了，对放人表示理解。林荫问他们陶素素究竟是什么人，秦、黄说出陶的一段身世……
人们离去，天已渐亮。秀云还在为刚才林荫对他发火而伤心落泪，林荫只得耐心劝慰，才让秀云破涕为笑。
“雷雨行动”在社会上产生了很大的反响，黄建强接到匿名电话，那人说自己是刘正案的目击者，说砍人的歹徒中就有郑光军兄弟的手下贺刚和刀疤，可以肯定背后指使者就是郑光军兄弟，只要这次公安局惩处郑华军，他就敢出来作证。林荫决定尽快将郑华军押往南方重新做精神病鉴定。
秀云要返回白山家中，郝正擅自派车将她送回，违反了公车不得私用的规定。而这规定恰恰是林荫来后制定的。郝正又给秀云留下两千元钱。林荫得知郝正的举动后，十分恼火，把郝正找来，批评了他并将钱还给他。郝正很尴尬，认为林荫是不识抬举，是嫌钱少，开始怨恨林荫。
郑光军对万书记说林荫清查皇朝大酒楼是和他对着干，挑唆万书记尽快将林荫整下去，放出郑华军。万书记却显得为难，责怪郑华军是咎由自取……
雷雨行动后，牛明躲进医院。郑光军来看他，劝他不能躺倒不干，还应回局里替他们发挥作用。牛明一出院，便向罗厚平了解对郑华军的处理动向……
罗厚平和两个刑警押着郑华军来到一个小火车站，预备登车南下，忽然出现七八个暴徒，劫持郑华军逃跑。
林荫命秦志剑和罗厚平迅速展开追捕，但进展不大。方政委建议调整追捕方案，同时提醒林荫万书记对清查皇朝大酒店是极为不满的，从今后工作着想，最后主动向万书记汇报，争取共识。但出乎意料，万书记似乎对他们的汇报不感爱好，以没有时间为由冷淡地拒绝了，这令林、方觉得他是另有所图……
