尽管95%以上的性传播疾病是通过各种性行为传播的，但已经肯定，厕所坐垫也会造成此类疾病的传播，其中比较轻易发生的是阴道毛滴虫和白色念珠菌所引起的阴道炎。
由于公共厕所由多人频繁使用，性传播疾病患者的臀部、会阴部和衣裤中的致病原就会通过污染厕所坐垫而传给他人。如梅毒螺旋体、白色念珠菌、阴虱、疥虫等可从患者身上留在厕所坐垫上，若短时间内另一人如厕就有可能被传染上。据测定，淋病双球菌在厕所坐垫上可以存活18个小时，阴道毛滴虫可在半干燥环境中存活6个小时。
