精神分析理论描绘了一幅立体的心理结构图。以前的心理学所谓的“心理”只是这一结构的表层，即意识层，而在心理结构中还存在着一个比意识层更为广袤、复杂、隐密和富于活力的潜意识层面。如果说人的心理像一座在大海上漂浮的冰山，那么意识只是这冰山浮在海面上的那一小部分，而潜意识则是藏在水下的更巨大的部分。潜意识又可以分成两部分，一是无意识层，它由各种受到压抑或者被遗忘的情绪、欲望、动机所组成，并失去了与正常交流系统和语言规则的联系，几乎无法进入人的意识和理性层面。二是前意识，它是意识和无意识的中介层面，其心理内容在一定条件下可以从无意识状态转变为意识状态，被人所意识到。
无意识不仅是一个心理过程，而且是一个具有自己的愿望、冲动、表现方式、运作机制的精神领域。它像一双看不见的手操纵和支配着人的思想和行为，任何意识起作用的地方都暗自受到无意识的影响，如女孩对自己性征的压抑，以及寻求学业、成就、财富等其他方面的升华，都有无意识的作用。
精神分析还重视对人的早年经历的探讨。如果人在发展的某一阶段受到挫折，则在心理上产生特殊的脆弱点，形成特殊的防御方法。人在发育初期，内在系统尚不稳定，对外界刺激和创伤非常敏感，反应剧烈而且影响深远，因此童年的创伤往往是躯体障碍的根源，如女孩受到压抑的女性意识会导致成年后的小乳房。
精神分析理论也对人格进行了探讨，认为人格分为“本我”、“自我”和“超我”三部分。“本我”无条件地按照“快乐原则”行事；“自我”代表了人格中理智和意识的部分；“超我”则是道德化的自我，代表了儿童时期所认同的双亲或社会的道德要求和行为标准。这三部分在人格构成中，经常相互冲突。为了适应内心的挣扎和外界带来的挫折，“自我”会在不知不觉中，以某种方式改变自己与现实的关系，以减少心理负担。女孩过分地不适当地利用这种心理自卫机制，常常引起精神症状，进而诱发躯体病理反应或障碍。
精神分析自创建一百多年以来，经过多次修正，其主要思想被保留下来，即：(1)要以动态的眼光来了解人的心理、行为及病情的形成；(2)要把注意点从意识层面推广到无意识层面，以便较有深度地了解人的动机与行为表现；(3)指导病人提高对自己心理与病情的领悟，以促进行为的改进与成熟。这也是现在“分析性心理治疗”理论的精髓。
