以上这些整体思维方式都带有强烈的经验直观的特征，孟、庄的物我、天人合一论，是靠内心体验获得的；《周易》的天地人三才统一说，是在具体卦象中体现出来的；《内经》的人体生命整体观，也是以望、闻、问、切的经验疗法为基础的。所以说传统的整体思维方式是一种直观思维，它重在对事物的现象作整体综合的思考而不受逻辑规律的束缚。诚如汤一介所说:“所谓‘天人合一’的观念表现了从总体上观察事物的思想，不多作分析，而且直接的描述，我们可以称它为一种直观的‘总体观念’。”10
整体直观的思维方式也是气功养生的思维方式，根本上说，气功养生是一种整体疗法，它要求炼功者顺应自然四时的变化，调和生理与精神的关系，沟通人体各部的联系，使人体处于天人相应、内外一致的最佳状态。而要达到这种状态，又必须通过炼功者的“内省”功夫，依靠“意念”来完成。可见气功整体思维方式中的直观经验性更强。详而言之，气功养生中的整体直观的思维方式，表现在以下几个方面。
1、 天人整体观
传统的宗教医学理论和气功养生理论都认为，人是自然界的一部分，天地大自然，人体小天地，人禀天地之气以生，自然万物也都是天地之气所化，故天人一也。《太平经》曰:“夫天地人，本同一元气。分为三体，而各有祖始。”气功养生理论从天地间万物生生化化的整体背景上去考察人的生命活动，主张炼功要顺应四季的不同特点，春夏养阳，秋冬养阴，即根据寒暑的变化来调节阴阳，选择不同的炼功方法。具体地说，春季是万物发生之时，当夜卧早起，与天地之生气相应，广步于庭，以养生气，此乃养长之道；夏季天地气交，当夜卧早起，无厌于日，顺于正阳，以泄暑气，此乃养生之道；秋季天气肃杀，宜早卧早起，与鸡俱兴，收敛神气，使志安宁，此乃养收之道；冬季天寒气冷，应早卧晚起，居处密室，温暖衣衾，使心伏志匿，此乃养藏之道。这样顺于自然，法于四时，“则苛疾不起”。否则，“逆春气则少阳不生，肝气内变：逆夏气则太阳不长，心气内调：逆秋气则太阴不收，肺气焦满；逆冬气则少阴不藏，肾气独沉。”（《黄帝内经·素问·四气调神大论》）
一气氤氲，化为阴阳，衍为四时，布为五行，序为八卦。天人相应的气功养生方法，除了要顺应阴阳四时，还要配合五行八卦。唐代内丹家崔希范在《入药镜》一书中，根据传统医学理论，以五行配五脏，以八卦配脏腑，建立了一个天人一体的内丹养炼体系。他说:“五行者何谓也?五脏之真义也。心之神，肝之魂，肺之魄，脾之意，肾之志，聚而为丹之用者也。”又说:“乾六，大肠也；坎一，肾也；艮八，膀胱也；震三，肝也；巽四，胆也；离九，心也；坤二，小肠也；兑七，肺脾也。”
总之，古代气功养生术以气功为天人相通的媒体，将天人看成是有机的整体系统，进而参天地，副阴阳，连四时，化五行，配八卦，始终不渝地从天人的相互关系中去探究身心世界的奥秘。
2、 心身整体观
古人经过长期的气功养生实践，逐渐认识到人的身与心是一个整体，并形成了形、气、神三位一体的整体观。《淮南子·原道训》曰:“夫形者，生之舍也；气者，体之充也；神者，生之制也。”就是说，形体是人的生命活动的基础，精神是生命活动的主宰，气则是生命信息的载体，它充盈周身，把形和神结合为一个整体。心身整体观表现在气功养生方法上，就是所谓身心并重、性命兼修的养心炼形法。对此，晚唐道士杜光庭说得十分清楚:“心者形之主，形者心之舍。形无主则不安，心无舍则不立。心处于内，形见于外，内外相承，不可相离。”（《说常清经》“外观其形，形无其形”条注。）心身整体观表现在气功养生的理论上，就是所谓炼精化气、炼气化神的精、气、神互化说。五代道士谭峭说:“道之委也，虚化神，神化气，气化形，形生而万物所以塞也：道之用也，形化气，气化神，神化虚，虚明而万物所以通也。”（《化书·道化》）道家内丹气功周天功法的理论基础，就是这种精、气、神互化说。
“抱神以静，形将自正。”在心身这个矛盾统一体中，心又居于主导地位。所以，修身之要首在明心养神，就像《内经》说的“心者，君主之官也，神明出焉……主明则下安，以此养生则寿……主不明则十二官危，使道闭塞而不通，形乃大伤，以此养生则殃”（《黄帝内经·素问·灵兰秘典论》）。
3、人身整体观
人身是一个有机整体。中医认为，人体各部，外为四肢百骸，内为五脏六腑，内外通过遍布全身的经络联系在一起，互相制约，互相作用，构成一个以脏腑为核心的稳态系统。在这个系统中，脏腑是核心，经络是通道。兹分述如下:
脏腑是人体内脏的总称。脏有心、肝、脾、肺、肾五个，它们都有贮藏精气的作用；腑有胆、胃、大肠、小肠、三蕉、膀胱六个，它们都有消化传送的作用。脏腑属于器，由精、气、神所构成，不同的脏腑，形气不同，神也不同。内丹气功有五脏神之说，即神、魂、意、魄、志。中医藏象学说认为，人的整个生命活动，都是以五脏为核心，通过经络与全身各器官组织之间相互联系、相互协调来实现的。
经络是人体内经脉与络脉的总称。“经”有路径的意思，是经络系统中直行的干线；“络”有网络的意思，为经的分支。经络是运行全身气血，联系全身脏腑肢节，沟通上下内外，调节体内各部分的通路。经络遍布全身，它的有规律的运行和错综复杂的交会，把人体的五脏六腑、四肢百节、五官九窍和皮肉筋脉等组织器官联结成一个有机的整体。
传统医学的“经络论”和“气化论”11 构成了气功学的两大理论支柱。气功养生的主要内容就是通过调身、调息、调神的自我锻炼，使经络畅通，气血平和，从而达到强身健体、延年益寿的目的。
