大约在公元十一世纪，中医即开始应用“人痘接种法”预防天花，成为世界医学免疫学的先驱。公元十七至十九世纪，由于传染病的不断流行，人们在同传染病作斗争的过程中，形成并发展了温病学派。如明代吴有性认为传染病的发生，“非风非寒,非暑非湿,乃天地间别有一种异气所感,”他称之为“戾气”。他指出“戾气”的传染途径是自口鼻而入，无论体质强弱，触之皆病。这就突破了中医学历来认为的病邪是由体表进入人体的传统理论，在细菌学尚未出现的十七世纪中叶，这无疑是一伟大创举。到了清代，中医在治疗温病(包括传染性和非传染性发热性疾病)方面成就的代表著作有叶桂的《温热论》、薛雪的《湿热条辨》、吴瑭的《温病条辨》及王士雄的《温热经纬》等。
清代医家王清任(1968～1831)根据尸体解剖和临床经验写成《医林改错》,改正了古代医书在人体解剖方面的的一些错误,强调了解剖知识对医生的重要性,并发展了瘀血致病理论与治疗方法。
近百年来，随着西医在中国广泛地传播，形成中医、西医、中西医结合并存的局面。一些医家逐渐认识到中西医各有所长，因此试图把两种学术加以汇通，逐渐形成了中西医汇通学派。其代表人物及其著作是：唐宗海（1862-1918）之《中西汇通医书五种》；朱沛文约19世纪中叶）之《华洋脏腑图像合纂》；张锡纯（1860-1933）之《医学衷中参西录》等。
中医药学是中华民族灿烂文化的重要组成部分。几千年来为中华民族的繁荣昌盛做出了卓越的贡献,并以显著的疗效、浓郁的民族特色、独特的诊疗方法、系统的理论体系、浩瀚的文献史料,屹立于世界医学之林,成为人类医学宝库的共同财富。中医药学历数千年而不衰,显示了自身强大的生命力,它与现代医药共同构成了我国卫生事业,是中国医药卫生事业所具有的特色和优势。
